石英亞沸高純水蒸餾器開箱后將冷凝管取出來消毒后插入橫式燒瓶的磨口上。蒸餾水的出口應面向前面。使水位器上管口的橡皮管另一端套在冷凝管上出水口上，前一端短橡皮管套在水位器出水口部。但應注意管路暢通。不得高于出水口處的水平線。以免影響蒸餾瓶內的水位，現用橡皮管套在冷凝下部進水口，并與水源相連，自來水即主冷卻管，水位器到橫式燒瓶內，水位高度由水位器控制，冷卻水的路線是自來法，進入二次冷卻管的下進水口，經由上出水口流入一次冷卻管的下進水口，由上出水口流入水位器，在初次蒸餾時，接通電源，一次蒸餾先行開始，蒸餾之水流入二次蒸餾瓶中，待水位達到應有高度后(約1小時)插上二次蒸餾電源插頭，二次蒸餾開始蒸餾，出來的蒸餾水純度有進一步提高，每小時出水量為2000ml左右。

　　1、在蒸餾一段時間后水垢就積聚在橫式燒瓶內及石英加熱管表面上，這是需要進行清洗，清洗的次數主要視自來水的硬度和使用時間而定，如儀器長時間不進行清洗，要影響蒸餾效果，嚴重的要損壞加熱管且清洗時間也要延長。

　　2、切斷電源，關斷自來水開關移動冷凝管，但不需要拆下皮管。小心加入約10ml濃鹽酸倒入橫式燒瓶內，與瓶內的水稀釋成鹽酸，如積垢較多，鹽酸量可多一些。

　　3、數分鐘后由水位器放出，然后用自來水沖洗數次，為了清除微量鹽酸，可將燒瓶前后搖動使不易清洗的死角，也能洗清潔為主。

　　4、當再次蒸餾后，開始10分鐘內所蒸餾的水，舍去不用。